Die Querflöte war bereits im 10. Jh. in Byzanz bekannt, seit dem 12. Jh. in Deutschland. Sie war damals noch aus einem Stück (Holz) gefertigt und hatte in der Regel 6 Grifflöcher.

Anfang des 16 Jahrhunderts (Renaissance) gab es diese Flöten in drei Größen: Diskant, Alt-Tenor (am häufigsten gebraucht) und Bass.

Die einklappige barocke Querflöte, für die auch noch Bach, Händel und Mozart komponierten, wird umgangssprachlich als "Traversflöte" (flauto traverso) bezeichnet und steht in D. Die nacheinander geöffneten Grifflöcher ergeben also eine D-DurTonleiter mit d1 als tiefstem Ton. Gebaut wurde sie zumeist aus Buchsbaum und bestand aus 4 Teilen.

Die alten konischen Querflöten bleiben bis ca. 1720 einteilig. Der Klang der konischen Flöten ist u.a. aufgrund des kleineren Mundloches und der ebenso kleineren 6 Grifflöcher (die ja noch nicht durch Klappen abgedeckt wurden) weniger durchdringend als der der modernen. Das Instrument verlangt dem Spieler jedoch besonderes Feingefühl in der Tongebung (und Intonation) ab.

Während des letzten Viertels des 18. Jahrhunderts wurde die Flöte mit mehreren Klappen und einem C-Fuß versehen (Stimmung nun in C). Das häufigste Modell war die Acht-Klappen-Flöte (später bis zu 15 Klappen), welche noch zu Verdis und Wagners Zeiten in den Orchestern üblich war. Bis Ende des 19. Jh. waren die Querflöten übrigens immer noch aus Holz.

Die heutige Querflöte wird auch "Boehm-Flöte" (oder "Große Flöte", "Flöte in C", engl.: flute, ital.:flauto (grande), fr.: flûte) genannt, nach ihrem Erfinder und Münchner Flötisten Theobald Boehm (1794 - 1881), der bis zur Patentierung 1847 wesentliche akustische und spieltechnische Verbesserungen vornahm. Boehm konstruierte die Flöte mit zylindrischer Bohrung, vergrößerte die Klappenlöcher und verband letztere durch eine hochkomplizierte Mechanik, die dem Spieler eine angenehmere Griffweise und saubere Intonation ermöglicht. Die Mundlochplatte, welche als sogenannter "Kamin" auf dem Kopfstück liegt, erzeugt aber weiterhin eine gewisse Lochtiefe (wie bei den Holzflöten) für den Luftstrahl. Hätte das Mundloch nur die Stärke des Metalls, wäre der Ton pfeifender und weniger stabil in der Stimmung. Die Flöte besteht nun aus drei Teilen: dem Kopfstück mit dem Mundloch (auf dessen äußere Kante der scharfe Luftstrahl gelenkt wird. Durch die Spaltung der Luft an der Kante entsteht dort der Ton und wird vom Flötenrohr als Resonanzkörper verstärkt bzw. erst hörbar gemacht), dem Mittelstück mit den meisten Klappen (ermöglicht einen Tonumfang von c1 bis d4) und dem Fußstück, das sich je nach Länge des rechten kleinen Fingers zurechtdrehen lässt.

Gefertigt werden die Flöten heute aus Neusilber, Sterling-Silber, Gold oder Platin. Dementsprechend variieren die Preise von ca. 800 Euro einer versilberten Schülerflöte bis zum Wert eines Porsches für Profi-Instrumente. Je edler das Metall, desto vollere Töne können erzeugt werden, je besser sind in der Regel die Ansprache und die Möglichkeiten zur Differenzierung von Klangfarbe, Dynamik etc. Um spezielle Effekte wie Glissandi, Mehrklänge, Vierteltöne (in der zeitgenössischen Flötenliteratur) zu erzielen, werden auch Flöten mit (offenen) Ringklappen gebaut. Spezielle (ca. 5 cm längere und mit 3 statt 2 Klappen ausgestattete) "H-Füße" ermöglichen zusätzlich das in manchen Stücken verlangte tiefe h.

Ebenfalls nach dem Boehmsystem werden die Pikkoloflöte (steht in C, klingt eine Oktave höher als die C- Flöte, hat kein Fußstück tiefster Ton d1, meist aus Kokos oder Grenadill gefertigt, besonders im Orchester eingesetzt), die Altflöte in G (eine Quarte unter der C-Flöte stehend/klingend) und die Bassquerflöte (in C, eine Oktave tiefer als die "normale" Flöte) gebaut. Als Bassflöte besser bekannt ist aber Konstruktion des Mailänder Flötisten Abelardo Albisi von ca.1910. Das senkrecht gehaltene "Albisiphon" mit Boehm-Klappensystem hat ein umgelenktes waagerechtes Kopfstück am oberen Ende.